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Problem:

Die Datenbank mysql wurde (aus welchem Grund auch immer) gelöscht oder zerstört.
Dies ist in sofern schlimm, weil dort die User-Daten und Berechtigungen drin stehen.

Lösung:

Die erste Lösung ist meist: "Ich installier MySQL neu."
Damit sind aber auch alle Datenbanken weg.

Die zweite Lösung bringt MySQL von Hause aus mit: mysql_install_db
Mit diesem Befehl werden die initialen Datenbanken (mysql und test) wieder angelegt. Dabei sind die Datenbanken allerdings vollständig leer und ein root-Login funktioniert ohne Passwort.
Um direkt etwas aufzuräumen sollte man den Befehl mysql_secure_installation hinterher schicken. Damit wird ein root-Passwort gesetzt und die meist überflüssige Datenbank test gelöscht.

Was nun noch fehlt sind die alten Benutzer-Einstellungen.
Entweder man greift dafür auf ein Backup zurück, oder man überredet seine ISP-Software (z.B. Plesk oder Confixx) die Einträge neu zu generieren. Meistens reicht es, wenn man dort das Datenbank-Passwort ändert.