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Problem:

Da eine Instanz von phpMyAdmin in Plesk integriert ist, gibt es dazu auch regelmäßige Updates.
Was der Plesk-Updater nicht im Griff hat, ist der Bestand der phpMyAdmin eigenen Datenbank.
User "rolapp" hat die Frage im serversupportforum gestellt und sich selbst beantwortet.

Lösung:

Die unbenutzten Datenbanken können entweder gelöscht werden, oder wer bereits spezielle Einstellungen im phpMyAdmin vorgenommen hat, kann wieder auf eine alte Version wechseln.

Wir finden dazu in der Datei:
/usr/local/psa/admin/htdocs/domains/databases/phpMyAdmin/libraries/config.default.php
die Zeile (ca. 292):
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = $GLOBALS['db_host'] != 'localhost' ? '' : 'phpmyadmin_[...]';

Dies ist die aktuell genutzte Datenbank. Wir können diese hier entweder auf eine ältere DB umstellen, oder die Überflüssigen löschen.
Vor einer Reaktivierung einer älteren Version, sollte man sich vorher die Dumps ziehen und vergleichen. Evtl. sind neue Tabellen dazugekommen, die dann manuell anzulegen wären.